Brilliant Chemist

  STRUKTUR PRIMER Struktur primer merupakan struktur protein paling sederhana. Struktur primer ditandai dengan urutan asam amino yang tersusun secara linear dan tidak terjadi percabangan rantai. Struktur primer terbentuk melalui ikatan antara gugus α–amino dengan gugus α–karboksil. Ikatan tersebut dinamakan ikatan peptida (Berg et al. , 2006). Struktur ini dapat menentukan urutan suatu asam amino dari suatu rantai polipeptida (Voet & Judith, 2009). Struktur primer protein dengan urutan Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu dapat dilihat pada Gambar 1. Gambar 1. Struktur primer protein yang tersusun atas Tirosin (Tyr), Glisin (Gly), Glisin (Gly), Fenilalanin (Phe), dan Leusin (Leu) STRUKTUR SEKUNDER Struktur sekunder protein merupakan kombinasi antara struktur primer yang distabilkan oleh ikatan kimia, salah satunya adalah ikatan hidrogen antara gugus karboksil dan gugus amina di sepanjang tulang belakang polipeptida. Salah satu contoh struktur sekunder adalah α-helix, β-pleated sheet dan turn. Str

  Gambar 1. Kurva titrasi glisin KARAKTERISTIK ASAM AMINO PADA KURVA TITRASI Titrasi asam-basa merupakan proses penambahan titran secara perlahan (sedikit demi sedikit) untuk mengetahui konsentrasi analit yang belum diketahui dengan menggunakan asam atau basa. Analit tersebut berupa asam amino, misalnya asam amino glisin. Pada Gambar 1 dapat dilihat kurva titrasi dari glisin dalam bentuk ion diprotik ( zwitter ion ) dengan konsentrasi glisin sebesar 0.1 M. Dari kurva titrasi glisin (Gambar 1), pada pH  yang sangat rendah (pH <<< pKa), maka sebagian besar glisin akan terprotonasi dalam bentuk  + H 3 N-CH 2 -COOH (donor proton), sehingga molekulnya bermuatan +1. Kemudian setelah basa ditambahkan (dititrasi), maka gugus –COOH dari glisin akan melepaskan protonnya atau hampir terdeprotonasi secara sempurna sehingga akan membentuk  + H 3 N-CH 2 -COO -   dengan muatan 0. Kemudian dilakukan titrasi lagi, maka gugus  –NH 3 +    pada asam amino diprotik tersebut akan  terdeprotonasi s

ASAM AMINO Asam amino merupakan komponen penyusun protein, setiap asam amino terdiri dari gugus karboksilat   (-COOH)  dan gugus amino serta yang membedakan asam amino satu dengan asam amino lainnya yaitu dengan adanya rantai samping (R). Sruktur umum asam amino seperti Gambar 1 berikut. Gambar 1. Struktur umum asam amino . Dari Gambar 1 telihat bahwa: Atom C pusat dinamai atom C α  (" C-alfa ") sesuai dengan penamaan senyawa bergugus karboksil. Oleh karena gugus amina juga terikat pada atom C α , senyawa tersebut merupakan asam α- amino. Asam amino biasanya diklasifikasikan berdasarkan sifat kimia dari masing-masing rantai samping penyusun asam amino. Hal ini karena adanya rantai samping dapat membuat asam amino bersifat asam lemah, basa lemah, hidrofilik jika polar, dan hidrofobik jika nonpolar. STEREOISOMER ASAM AMINO Stereoisomer merupakan suatu bentuk senyawa yang sama strukturnya dalam hal penataan ruang namun berbeda posisi unsur-unsur penyusunnya. St

FOSFORILASI OKSIDATIF Fosforilasi Oksidatif merupakan suatu proses transfer elektron dari NADH dan FADH2 yang dihasilkan melalui proses glikolisis, oksidasi asam lemak dan siklus asam sitrat. Fosforilasi oksidatif terjadi di dalam mitokondria. Setiap NADH maupun FADH2 akan mentransfer dua elektron ke dalam suatu kompleks protein dan setiap elektron yang melewati kompleks protein akan melepaskan dua proton ke dalam 'inner membran' dari mitokondria. Proton yang ditransfer berasal dari matriks mitokondria.  Gambar 1. Mitokondria. Dari Gambar 1 di atas terlihat banyak kerutan-kerutan hitam yang menandakan suatu matrix mitokondria terdapat dalam kerutan-kerutan tersebut. Di dalam matrix mitokondria inilah proses terjadinya transfer elektron dari NADH dan FADH2 terjadi. Fosforilasi oksidatif terjadi di dalam inner membran mitokondria. Untuk lebih jelasnya bisa di lihat pada Gambar 2 di bawah ini. Gambar 2. Bagian-bagian mitokondria Proses transfer elektron di dal

PROTEIN PEPTIDA Protein merupakan suatu polimer yang dibentuk oleh asam-asam amino. Asam amino akan terhubung dengan asam amino lainnya melalui gugus α- karboksil. Ikatan antara asam amino satu dengan asam amino lainnya melalui gugus α- karboksil dinamakan dengan ikatan peptida atau ikatan amida. Pembentukan ikatan peptida antara dua asam amino dinamakan dengan dipeptida (Gambar 1). Gambar 1 . Pembentukkan ikatan peptida. Gabungan dari dua asam asam amino diikuti oleh lepasnya satu molekul air. ( Sumber: Biochemistry, 7th Edition W.H. Freeman and Company ) Dari reaksi kesetimbangan pada Gambar 1, reaksi lebih condong ke kiri atau ke arah degradasi ikatan peptida. Karena pada saat proses pembentukkan (biosintesis) ikatan peptida reaksi membutuhkan energi yang cukup besar sehingga proses biosintesis berlangsung sangat lambat, sedangkan ketika proses degradasi dipeptida ke bentuk asam amino, energi yang dibutuhkan tidak terlalu besar. Dengan demikian, proses degradasi ikata